A fines de noviembre de 1915, habiendo fracasado estrepitosamente su campaña en Sonora, Francisco Villa se encaminó de regreso a Chihuahua a la cabeza de su diezmado ejército.
Debido a los constantes ataques de gavilleros y de soldados desertores que asolaban la región, los vecinos de San Pedro de la Cueva habían decidido organizarse en grupos armados para explorar los caminos. Por esos días llegó a San Pedro el rumor de que se acercaban partidas de bandidos, y el primero de diciembre, un grupo de vecinos encabezados por el presidente municipal José María Cruz, por Pedro Félix y por Práxedes Noriega, conscientes de los atropellos ocurridos en otras poblaciones, abrió fuego desde el cerro del Cajete contra hombres armados, sin saber que se trataba de una avanzada villista. Después de algunos minutos de tiroteo, al percatarse de que habían entrado en contacto con una fuerza numerosa, los defensores huyeron a los cerros cercanos, dejando muertos a su compañero Mauricio Noriega y a cinco hombres de Villa.
Al día siguiente, dos de diciembre, Villa entró a San Pedro enfurecido, y ordenó a Margarito Orozco que arrestara a todos los habitantes de pueblo, incluyendo a mujeres y niños. Los villistas registraron casa por casa y formaron a casi 300 civiles frente al templo parroquial. José Santos Encinas dice que las mujeres “gritaban y aclamaban a Dios pidiendo misericordia, esperando un milagro”, pero Villa, en tono de burla, les contestó: “¡Ahorita no hay quien los favorezca porque Dios está escondido en un cucurucho, en un almú, y nada puede hacer por ustedes!”
El comandante villista Macario Bracamontes, nativo de Sonora, suplicó a Villa que no asesinara a las mujeres, ni a los niños, a lo que éste accedió. Sin embargo, los 136 hombres restantes, entre ellos varios menores de edad, fueron formados a un costado del templo católico para ser fusilados.
Atendiendo a la súplicas de las madres, esposas e hijas para que interviniera a favor de sus familiares, el padre Andrés Avelino Flores, se acercó apresuradamente a Villa cuando gritaba órdenes a los escuadrones de fusilamiento, y rogó por la vida de sus feligreses preguntando si, efectivamente, asesinaría a hombres inocentes. Villa respondió burlonamente “¿quiénes son los inocentes?” y agregó que él estaría feliz de dispararles a los culpables, sólo que “¿quiénes lo eran?” Como el padre Flores contestó que no tenía forma de saberlo, Villa replicó que todos morirían, pues de algún modo eran cómplices de la emboscada tendida a sus hombres y que, si el sacerdote quería liberarlos, le llevara 100 pesos por cada uno. Le dijo, además, que no admitiría más su intromisión, que se quedara en su iglesia atendiendo a las ancianas y le advirtió: “¡Ah, Padre! y no se le ocurra volver a pararse por aquí porque no respondo por su vida!”
Al retirarse el sacerdote comenzaron las ejecuciones; empleando parque explosivo, los villistas fusilaban de cuatro en cuatro o de seis en seis. Escondiéndose entre el grupo, los menores de edad que no fueron perdonados se iban haciendo para atrás de la fila, en medio del llanto y las súplicas de sus familiares que atestiguaban la tragedia.
El cura Flores regresó ante Villa y de rodillas le imploró que perdonara a los prisioneros: “Por favor, ten caridad y deja de matar gente”. Villa le espetó: “¡Retírese padrecito y sepa que, si vuelve, lo mato!” La matanza continuó, y el sacerdote volvió a suplicar: “Concédeme la vida de mis hijos.” Entonces el jefe guerrillero remató: “Si son sus hijos por qué no los rebajó de lo que pensaron hacer, ahora también usted la llevará por bribón junto con ellos”. Se abalanzó entonces sobre el sacerdote, lo derribó a puntapiés y puñetazos, desenfundó su pistola y le disparó dos tiros, uno en el costado izquierdo y otro en la cabeza.
La matanza continuó hasta que el coronel Bracamontes, asqueado, sacó su arma y retó a Villa a sacar la suya, al tiempo que le gritaba: “¡Ya no va a morir un hombre más!” Villa volteó entonces la mirada a la fila de condenados y perdonó la vida de nueve adolescentes y 14 adultos. Sin embargo, 85 hombres ya habían sido ejecutados: 80 vecinos, seis de ellos chinos y cinco fuereños.
Después de la masacre, San Pedro fue saqueado y varias mujeres fueron violadas por los villistas. Al partir, Villa ordenó incendiar el pueblo, y desde las alturas de la iglesia de Batuc, constató que sus órdenes habían sido cumplidas.
Un modesto monumento y una placa con los nombres de los vecinos sacrificados de San Pedro de la Cueva guardan el recuerdo de la terrible tragedia.
